Beberapa kegiatan capacity building program yang telah dilakukan oleh Yayasan Penabulu antara lain :

1. Seminar sehari dengan tema ‘Mengelola “Uang Rakyat”’, yang dilakukan pertama kali pada tanggal 20 Juni 2005 di Hotel Twin Plaza. Seminar ini mengusung materi ‘Standar Akuntansi dan Audit Ornop dan Organisasi Nirlaba – PSAK 45’, yang kemudian secara rutin dilakukan per tahunnya.
2. Penerbitan modul pada September 2005 ini didanai oleh NOVIB.
3. Mengembangkan alat bantu pencatatan transaksi keuangan khusus bagi organisasi nirlaba yang berbasiskan Ms. Excel®. Alat bantu ini diberi nama ‘PROSAK’ (Program Sederhana Akuntansi).
4. Melakukan pelatihan keuangan bagi pengelola keuangan organisasi nirlaba, dengan tema ‘Pelatihan Quantum Mengelola Keuangan Organisasi Nirlaba’. Materi yang diberikan dalam pelatihan ini adalah : 1) Sistem Akuntansi dan Keuangan, 2) Manajemen Arus Dana, 3) Akuntansi Organisasi Nirlaba, 4) Perpajakan Organisasi Nirlaba, 5) Audit, 6) Analisa Laporan Keuangan, yang diselenggarakan selama sembilan hari.Hingga saat ini Yayasan Penabulu telah berhasil menyelenggarakan Pelatihan Quantum ini sebanyak 14 kali.
5. Melakukan pelatihan dengan metode In-house training terhadap beberapa organisasi nirlaba. Pelatihan ini berbeda dengan pelatihan pengelolaan keuangan yang secara rutin diadakan oleh Yayasan Penabulu, pelatihan dengan metode in-house training ini memberikan materi sesuai dengan kebutuhan masing-maasing organisasi dan secara khusus. Organisasi nirlaba yang pernah mendapat pelatihan in-house training adalah sebagai berikut :
   • Pelatihan keuangan bagi Solidaritas Perempuan – Lampung, pada tahun 2004.
   • Pelatihan keuangan bagi KIPP – Jakarta, pada tahun 2004
   • Pelatihan keuangan bagi Solidaritas Perempuan – Jakarta tahap pertama, pada tahun 2004
   • Pelatihan keuangan bagi YAPPIKA – Jakarta, pada tahun 2004
   • Pelatihan keuangan bagi Yakomsu – Buntok, Kalimatan Tengah, pada tahun 2005
   • Pelatihan keuangan bagi Solidaritas Perempuan – Jakarta tahap kedua, pada tahun 2005
   • Pelatihan keuangan bagi Debt Watch – Jakarta, pada tahun 2005
   • Pelatihan keuangan bagi Grantee MFP-DFID di 5 (lima) region yaitu Nusa Tenggara, Sumatera, Kalimantan, Jawa dan Bali, dan Sulawesi, dilakukan pada bulan Januari – April 2006
   • Pelatihan keuangan non manajer keuangan bagi Komnas Perempuan yang dilakukan di Jakarta pada bulan Agustus 2006
   • Pelatihan keuangan bagi Pengelola keuangan 25 Eksekutif Daerah WALHI, yang dilakukan di Yogyakarta pada bulan Desember 2006 dan di Bogor pada bulan Pebruari 2007.
   • Pelatihan Internal Audit bagi Dewan Nasional dan Dewan Daerah WALHI yang dilakukan di Jakarta pada bulan April 2007
6. Melaksanakan program ‘Peningkatan Kapasitas Pengelolaan Keuangan’ pada Lembaga Hukom Adat Laot Panglima Laot – Nangroe Aceh Darusallam. Program ini diselenggarakan berkat dana hibah dari Yayasan Kehati. Program ini dilakukan dengan periode Juli 2005 hingga Juli 2006.
7. Bekerjasama dengan CCDE – Aceh dalam penyelenggaraan pelatihan pengelolaan keuangan organisasi nirlaba dan UKM di Aceh pada bulan Juni 2007.
8. Bekerjasama dengan HIVOS untuk meningkatkan kapasitas keuangan Koperasi Masyarakat Rawagede (KOMARA) –Mitra HIVOS di Karawang. Kegiatan yang dilakukan adalah melakukan penyusunan Tools Internal Audit, Pelaksanaan Internal Audit serta penyeleksian sampai dengan pendampingan staf internal audit KOMARA. Kerja sama ini dilakukan dengan periode waktu Juni 2010- Juni 2011.
9. Internal Review atas The Association of Tropical Biology and Conservation (ATBC 2010).